“子午”两字，原是对立的名词，可代表天地、山泽、风雷、水火、春秋、寒暑、日月、夜半与日中两个时辰的符号等。如天文学家测诸曜经度所用之仪器叫“子午仪”；地球上通过某地点及南北极之经线，即为某地之“子午线”；《群芳谱》所载之金钱花，以其午开子落，名“子午花”。凡此皆以阴阳对立表示子午二字的含义。
用在医学尤其是用在针灸学上，“子午”有下列几种含义。
一、子午代表地支
地支子午之外如丑未、寅申、卯酉、辰戌、巳亥，虽能代表六气、而莫不以子午为推算的开始。
二、子午代表阴阳
《华氏中藏经》说：“阳始于子前，末于午后；阴始于午后，末于子前；阴阳盛衰，各在其时，更始更末，无有休息，人能从之亦智也。”据此，子午是代表阴阳的。
三、子午代表时间
《灵枢·卫气行》篇云：“岁有十二月，日有十二辰，子午为经，卯西为纬。”子午指一年十二个月中阴阳盛衰的转折点，每年冬至一阳生在子月(农历十一月)，夏至一阴生在午月(农历五月)；一日十二个时辰，子为夜半，午在日中，是为阴阳的分界点。
四、子午代表寒热
暑往则寒来，夜往则昼来，子时寒极，午时热极，事实如此，凡此皆代表气候的寒热。
五、子午代表经脉
以十二地支表示一日十二时辰的循环来反映人体十二经脉气血流行的盛衰，一时一经，周而复始，与天同纪。
由于以上的几种含义，可知子午和人体是有密切关系的。
“流注”一词，最早是经脉循行的代称。据《中国医籍考》记载，至隋朝已有专以“流注”命名的医学著作，如《黄帝流注脉经》《亡名氏明堂流注》《流注针经》等。至唐·王焘《外台秘要·卷三十九》中始载有“五脏流注傍通”与“六腑流注傍通”，并明确指出：所出为井，所流为荥，所注为输，所行为经，所人为合午未申为少阴，所过为原。表明“流”是水流，“注”是灌注；流注二字在这里是用来代表人体气血运行如水流灌注的意思。至金·何若愚撰《子午流注针经》，其卷上《流注指微针赋》中明确指出：“知本时之气开，说经络之流注。”至明·杨继洲《针灸大成》载：“项氏曰：所出为井，井象水之泉；所溜为荥，荥象水之陂；所注为输，输象水之寄；所行为经，经象水之流；所人为合，合象水之归；皆取水义也。”归者言气血归于正经，如川谷之于江海一样，故称为流注。
“子午流注针法”，则是针灸于辨证、循经取穴外，采用按时取穴的一种操作规程(或者说方法)。它的含义，是指人身气血周流出人皆有定时，《针上篇|子午流注灸大成》载有徐氏《论子午流注法》一文，起首有“刚柔相配，阴阳相合，气血循环，时穴开阖”之说。血气应时而至为盛，血气过时而去为衰，逢时为开，过时为阖，泄则乘其盛，即经所谓刺实者刺其来；补则随其去，即经所谓刺虚者刺其去；刺其来迎而夺之，刺其去随而济之。按照这个原则取穴，可以取得更好的疗效，这就叫子午流注针法。
子午流注的干支配属
子午流注的干支配属，是指根据人体十二经脉气血流注按时开穴规律，选择井荥输(原)经合五输穴(六十六穴)，按照五运六气、阴阳五行属性的不同，配合相应的干支时间周期，逐日按时开穴治病，以达到“顺天时而调气血”的治疗效果。
据现存资料初步考证，干支的起源远在股商之前早已有之。而干支纪日至迟至春秋时代的鲁隐公三年(公元前722年)二月己巳日起，连续以干支纪日，一直到清代的宣统三年(公元1911年)止，计有2600多年历史(见《中国古代天文历法基础知识》)。
古人最早用“干”来记日，每天的计算以日的出没为准，日出日没一次为一天，所以“干”又称天干。“支”有分支的意思，古人最早用来记月，以月亮的盈亏计算，月亮盈亏一次为一月。以阴阳属性来看，日为阳，月为阴；天为阳，地为阴；故干支当是天干地支的简称。天干有十，依次相数：甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸；地支十二，依次是：子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥。干支次第先后不是随便排列的，它包含着万物由发生、少壮、繁盛、衰老、死亡而更始的内涵。
应用在医学上，古人把它与季节、方位、脏腑性能、治疗方法密切联系起来。如《素问·脏气法时论》云：“肝主春，足厥阴、少阳主治，其日甲乙，肝苦急，急食甘以缓之；心主夏，手少阴、太阳主治，其日丙丁，心苦缓，急食酸以收之；脾主长夏，足太阴、阳明主治，其日戊己，脾苦湿、急食苦以燥之；肺主秋，手太阴、阳明主治，其日庚辛，肺苦气上逆，急食苦以泄之；肾主冬，足少阴、太阳主治，其日壬癸；肾苦燥，急食辛以润之。开腠理，至津液，通气也。”在这里，古人不仅明确了用十干来纪日、纪月、纪年，而且更明确了十干配合脏腑的阴阳属性，甲乙属木，木分阴阳，甲为阳木，乙为阴木。阳木配属足少阳胆经，阴木配属足厥阴肝经。故胆经脉气旺于甲日，肝经脉气旺于乙日。这就叫作“肝主春，足厥阴、少阳主治，其日甲乙“。余者类推。
一、干支配阴阳
干支的阴阳属性，前已述及，天干属阳，地支属阴。但从干支本身来说又各有阴阳。天干中的甲、丙、戊、庚、壬属阳，称阳干；乙、丁、己、辛、癸属阴，称阴干。地支中的子、寅、辰、午、申、戌属阳，称阳支；而丑、卯、巳、未、酉、亥属阴，称阴支。单数为阳，双数为阴；奇为阳，偶为朗。自然界的一切事物都有阴阳，干支亦然。事物阴阳之间的运动才能产生无穷的变化。干支本身一方面包涵着万物的生长、繁盛、衰老、死亡、更生的话义在内；另一方面又有“数”的含义，数字不论大小都不出奇偶，奇数为阳.偶数为阴。
二、天干配五行
把天干分成五对；甲乙、丙丁、戊己、庚辛、壬贤。结合五行方五脏，其方法是：天干甲乙与五行中的木相配(甲乙东方属木位)；天f 与五行中的火相配(丙丁南方属火位)：天干成己与五行中的土相配(属土位)；天干庚辛与五行中的金相配(庚辛西方属金位)：天干王婴中的水配(王努北方属水位)同时十千配属五行，根天千的性，则五行亦有阴阳之分。甲乙东方属木，甲为阳木，乙为同木：火，为阳火，丁为刚火；成已中央属土，为阳上(土)a)(土)庚西方限金，庚为阳金(操金)事为刚金(清金)王要21水，壬为阳水，癸为阴水。
三、地支配五行
十二支分别配属五行，其方法是：寅卯属木，巳午属火，申酉属金，亥子属水，辰未戌丑属土。为什么呢?地支在运气上主要用来纪月，每年农历正月建寅，二月建卯，三月建辰，四月建巳，五月建午，六月建未，七月建申，八月建酉，九月建戌，十月建亥，十一月建子，十二月建丑。由于寅卯是正月、二月，为春季，木旺于春，所以寅卯属木；巳午是四月、五月，为夏季，火盛于夏，所以巳午属火；申酉是七月、八月，为秋季，金旺于秋，所以申酉属金；亥子是十月、十一月午未申为少阴，为冬季，水旺于冬，所以亥子属水。
五行之中以土最为常态化，土旺四季，就是说一年四季皆有土。旺的月份每年是春三月(地支属辰)，夏六月(地支属未)，秋九月(地支属戌)，冬腊月(地支属丑)。由于土旺四季的关系，所以辰未戌丑都属于土。
四、地支配三阴三阳六气
十二支除配属五行外，主要是配属三阴三阳六气。三阴是厥阴(一阴)、少阴(二阴)、太阴(三阴)；三阳是少阳(一阳)、阳明(二阳)、太阳(三阳)。六气是风、寒、暑、湿、燥、火。六气中火与暑属于同类，因此把火分为君火、相火，而不列暑。于是有：巳亥厥阴风木，子午少阴君火，寅申少阳相火，丑未太阴湿土，卯酉阳阴燥金，辰戌太阳寒水。为什么如此配属?
解释有二：
1.十二支的前六支属阳属刚，后六支属阴属柔，前后配合起来，构成上述相配情况。
2.三阴三阳有正化、对化的不同。正化是指六气的本气一方。十二支中寅卯辰位居东方，巳午未位居南方，申酉戌位居西方，亥子丑位居北方。午的位置在正南方，所以君火生午，也就是正化于午；午的对面是子，因此对化于子，所以子午均属少阴君火。未的位置在西南方，同时未在月份上是每年六月(长夏)，土旺于长夏，所以土正化于未；未的对面一方是丑，因此对化于丑，所以丑未均属太阴湿土。寅的位置在东方，东方属木，因为木生火，所以火生寅，也就是正化于寅；寅的对面一方是申，因此对化于申，所以寅申均属少阳相火。酉的位置在西方，西方属金，所以金正化于酉；酉的对面一方是卯，因此对化于卯，所以卯酉均属阳明燥金。戌的位置在西北方，西方属金，北方属水，因金生水，所以戌属水，也就是正化于戌；戌的对面一方是辰，因此对化于辰，所以辰戌均属太阳寒水。亥的位置在北方，北方属水，因水生木，所以亥属木，也就是正化于亥；亥的对面一方是巳，因此对化于巳，所以巳亥均属厥阴风木。
五、天干五行配合十二经
阴性的乙和阳性的甲同属东方之木，肝胆适相配合而为表里；阴性的丁和阳性的丙同属南方之火，心与小肠互为表里；阴性的己和阳性戊同属中央之土，脾与胃互为表里；阴性的辛和阳性的庚，同属西方之金，肺与大肠互为表里；阴性的癸与阳性的壬同属北方之水，肾与膀胱互为表里。至于经有十二，天干只有十个，余下心包和三焦，但三焦为阳气之父，属腑；包络为阴血之母，属脏；二者互为表里，同为相火。
六、天干五行配合五输穴
五输穴都是可以用天干所属的阴阳五行去代表它。根据“阳井金、阴井木”的原则，阴干方面，任何阴经的井穴都属于乙木，荥穴属丁火，输穴属己土，经穴属辛金，合穴属癸水；阳干方面，任何阳经的井穴都属于庚金，荥穴属壬水，输穴属于甲木，经穴属于丙火，合穴属于戊土。阴以阳为刚，阳以阴为柔，两者结合起来，刚柔相济，就成为阴阳各经的五输穴。五输穴与天干结合，其顺序是：井穴是乙庚相合，荥穴是丁壬相合，输穴是甲己相合，经穴是丙辛相合，合穴是戊癸相合。子午流注在阳时必取阳经的阳穴，在阴时必取阴经的阴穴，都是固定的。至于每一阴经或阳经，始开井穴的日子，该经所属的天干必与当日的天干相同；而属于某一经的五输各穴，在开穴的时候，这个时辰的天干也必与该穴所属某经天干相同。
